由于聚丙烯酰胺凝胶有突出的优点，因而四十年来得到广泛的应用，目前尚无更好的支持介质能够取代它。其主要的优点有：

　　①可以随意控制胶浓度"T"和交联度"C"，从而得到不同的有效孔径，用于分离不同分子量的生物大分子。

　　②能把分子筛作用和电荷效应结合在同一方法中，达到更高的灵敏度：10-9 ～10-12 mol/L。

　　③由于聚丙烯酰胺凝胶是由-C-C-键结合的酰胺多聚物，侧链只有不活泼的酰胺基-CO-NH2 ，没有带电的其他离子基团，化学惰性好，电泳时不会产生"电渗"。

　　④由于可以制得高纯度的单体原料，因而电泳分离的重复性好。

　　⑤透明度好，便于照相和复印。机械强度好，有弹性，不易碎，便于操作和保存。

　　⑥无紫外吸收，不染色就可以用于紫外波长的凝胶扫描作定量分析。

　　⑦还可以用作固定化酶的惰性载体。